Trong thời gian hoạt động trong ngành Ngoại giao, Thứ trưởng Nguyễn Quốc Cường đã nhận được nhiều phần thưởng cao quý như[1]:

• Huân chương Lao động hạng Nhì năm 2015 do có thành tích xuất sắc trong công tác đối ngoại, Huân chương Lao động hạng Ba năm 2007 vì có thành tích xuất sắc trong công tác tổ chức Hội nghị APEC 2006.
• Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2018 và năm 2014 vì có thành tích xuất sắc trong các hoạt động đối ngoại, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
• Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2011 vì có thành tích xuất sắc trong quá trình Việt Nam đảm nhiệm cương vị Ủy viên không thường trực Hội đồng Bảo an Liên hợp quốc, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.